企業(yè)在進(jìn)行專項(xiàng)審計(jì)前，應(yīng)按照《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定申請書》中的格式，準(zhǔn)備好企業(yè)研究開發(fā)項(xiàng)目情況表、上年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）情況表、企業(yè)年度研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表以及相關(guān)財(cái)務(wù)資料。然后選擇符合條件的中介機(jī)構(gòu)，對企業(yè)近三個(gè)會(huì)計(jì)年度研究開發(fā)費(fèi)用和近一個(gè)會(huì)計(jì)年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入進(jìn)行專項(xiàng)審計(jì)。中介機(jī)構(gòu)應(yīng)客觀、公正地進(jìn)行審計(jì)工作，并出具相應(yīng)的專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告。
